Una nube es un grupo de esferas
Al principio una nube parece una mancha sin forma. Mira con más atención y son solo unas esferas una junto a otra, como la bola de fuego de la explosión. Cuando ves eso, sabes cómo dibujar el contorno, dónde sombrear y dónde poner la luz.
Lo segundo que tienes que saber es de dónde viene la luz. Aquí viene de arriba, un poco desde la izquierda. Así que cada esfera tiene la sombra abajo a la derecha y la luz arriba a la izquierda.
Paso 1: contorno

Empieza con una línea plana en la base, de unos siete píxeles, y luego sube y da la vuelta: una joroba, un hueco, una joroba más grande, y baja de nuevo para cerrar la forma. La mía terminó pareciéndose un poco a un camello. No pasa nada, lo que buscamos son las esferas.
Paso 2: Color

Toda la nube usa solo tres colores: un tono medio, uno más oscuro para el sombreado y uno más claro para las luces. Rellena la forma con el tono medio y cambia el contorno al mismo color. Ahora ya conocemos el tamaño y la forma.
Paso 3: sombreado

Toma el azul más oscuro y sigue la forma redonda de cada esfera en su lado de abajo a la derecha. Líneas curvas cortas, una por esfera. Eso es lo que le da profundidad a la nube.
Un truco útil: selecciona la nube con la varita mágica antes de sombrear. Así no puedes pintar fuera de ella, por más rápido que vayas.
Paso 4: Luces

Ahora unas líneas del azul más claro arriba a la izquierda de las esferas. El color está tan cerca del tono medio que casi no se ve. Pero está ahí, y estas pequeñas cosas son las que separan el trabajo profesional del amateur. Puede que la gente no note la calidad, pero sí nota cuando falta.
En una escena

¿Necesitas una segunda nube? Copia la primera y voltéala en horizontal (Shift+H en Aseprite). Parece una nube nueva y te toma segundos. Eso sí, dibuja cada nube en su propia capa. Una vez dibujé una nube directo en la capa del fondo, y cuando la copié, se vino con ella un pedazo de cielo que tapó la primera nube. Siempre dale a cada sprite su propia capa.