Uma nuvem é um grupo de esferas
À primeira vista uma nuvem parece uma mancha sem forma. Olhe melhor e ela é só algumas esferas lado a lado, como a bola de fogo da explosão. Quando você enxerga isso, sabe fazer o contorno, onde sombrear e onde colocar a luz.
A segunda coisa para saber é de onde vem a luz. Aqui ela vem de cima, um pouco da esquerda. Então cada esfera tem sombra no lado inferior direito e luz no lado superior esquerdo.
Passo 1: contorno

Comece com uma linha reta na base, de uns sete pixels, depois suba e contorne: uma corcova, uma descida, uma corcova maior, e desça de novo para fechar a forma. A minha acabou parecendo um pouco um camelo. Tudo bem, o que importa são as esferas.
Passo 2: Cor

A nuvem inteira usa só três cores: um tom médio, um mais escuro para a sombra e um mais claro para a luz. Preencha a forma com o tom médio e troque a cor do contorno do mesmo jeito. Agora a gente já sabe o tamanho e a forma.
Passo 3: sombreamento

Pegue o azul mais escuro e siga a forma redonda de cada esfera no lado inferior direito. Linhas curtas e curvas, uma por esfera. É isso que dá profundidade à nuvem.
Um truque útil: selecione a nuvem com a varinha mágica antes de sombrear. Assim você não pinta fora dela, por mais rápido que vá.
Passo 4: Luzes

Agora algumas linhas do azul mais claro no lado superior esquerdo das esferas. A cor é tão próxima do tom médio que fica quase invisível. Mas está lá, e são coisas pequenas assim que separam um trabalho profissional de um amador. As pessoas podem não notar a qualidade, mas vão notar quando ela faltar.
Numa cena

Precisa de uma segunda nuvem? Copie a primeira e espelhe na horizontal (Shift+H no Aseprite). Parece uma nuvem nova e leva segundos. Só desenhe cada nuvem na sua própria camada. Uma vez eu desenhei uma nuvem direto na camada do fundo e, quando copiei, veio junto um pedaço de céu que cobriu a primeira nuvem. Sempre dê uma camada própria para cada sprite.